Sjællands Kirkemusikskole har hovedkontor i Roskilde.
Herfra styres den overordnede planlægning af undervisningen.
Desuden har skolen afdelinger i henholdsvis Toreby på Lolland og Rønne på Bornholm.
Begge afdelinger er knyttet tæt sammen med hovedkontoret i den daglige drift og undervisning.